Todas as fazendas da Agro Florestal Aliança são devidamente registradas conforme estabelece a legislação fundiária. De acordo com o Novo Código Florestal Brasileiro, a Agro Florestal Aliança faz a proteção das áreas que são destinadas a Reserva Legal e APP (Área de Preservação Permanente). A empresa estabelece procedimentos para a proteção florestal, assegurando os ganhos de produtividade e qualidade dos plantios, realizando o manejo de pragas e doenças, prevenção de incêndios florestais e monitoramento das áreas para proteção contra atividades ilegais.
A AFA busca adotar importantes salvaguardas e medidas de proteção, tais como a proteção de suas áreas de APP (áreas de preservação permanente), áreas de reserva legal, além da preservação de seus remanescentes e recursos hídricos. Para informação e conscientização dos colaboradores, são ministradas palestras e treinamentos demonstrando as principais medidas que a empresa adota para proteção da fauna e flora, recursos hídricos e remanescentes naturais. A empresa realiza ainda, o tratamento de toda água utilizada em seus processos produtivos. Ela é devolvida ao meio ambiente em total conformidade com o exigido pelos órgãos de proteção ambiental. Os resíduos gerados pela Agro Florestal Aliança, passam por triagem para a correta logística reversa a empresas de reciclagem e destinação final. Assim, as medidas adotadas pela empresa resultam em qualidade e sustentabilidade no que se refere à economia de custos e respeito ao meio ambiente.